La superficie Boscosa.
La tendiente reducción continúa de las superficies con bosques en la región, que albergan 
centenares de especies de biodiversidad; de fauna y flora, constituye uno de los principales factores que pone en peligro la biodiversidad.
El avance de la frontera agrícola, las quemas e incendios forestales sin control, las explotaciones de madera en forma ilegal y el incipiente control que se realiza, las invasiones de tierras para su comercio ilegal y eventualmente la conversión de áreas de bosques en áreas agropecuarias, son algunas de los agentes que truncan los procesos naturales y el equilibrio ecológico en RBB.
Las razones antes mencionadas ponen han provocado la fragmentación del bosque, sobre todo en áreas de la zona de amortiguamiento y en menor cuantía en las zonas núcleos.
Flora
La flora de Nicaragua es muy rica con sus más de 10,000 especies de plantas y árboles vasculares. La Reserva de Biosfera BOSAWAS constituye el área física donde convergen la flora y fauna de Norte y Sur América. Por tanto, la diversidad botánica de la Reserva es muy alta aunque se desconoce exactamente el número de especies. La vegetación de BOSAWAS es aún desconocida pero juzgando por los datos preliminares de los inventarios pasados, se estima en miles de especies arbustivas y vasculares.
La diversidad botánica de la reserva es muy alta, estimándose en miles las especies arbustivas y vasculares. La composición arbórea de los bosques de la región no presenta cambios significativos, debido a los altos niveles de humedad. se distinguen seis tipos de bosques:
- Bosque bajo sub-perennifolio y bosque bajo perennifolio.
- Bosque mediano sub-perennifolio.
- Bosque mediano perennifolio.
- Bosque alto sub-perennifolio.
- Bosque alto perennifolio.
Según algunos expertos, la vasta riqueza vegetal de BOSAWAS presenta tres potenciales económicos:
- Alimenticios.
- Ornamentales.
- Medicinales.
FAUNA SILVESTRE
Realmente la información existente para esta temática a nivel de la RBB es poca y muy especifica para ciertos sitios y especies; considerando también la dimensión e importancia y las funciones del área debe ser un eje de la investigación científica. No obstante, los esfuerzos, dejan entrever la amplia diversidad que existe.
La diversidad de fauna en Nicaragua es alta, con una variedad impresionante para un territorio que es sólo el 0.13 % de la superficie terrestre global fuera del nivel del mar. BOSAWAS siendo el sitio de convergencia de fauna norte y sur americana posee una riqueza en varias taxa de organismos tanto invertebrados como vertebrados. Hasta hace poco se empezó a investigar la fauna en la Reserva específicamente en áreas intactas nunca antes exploradas. Ahora se sabe con certeza que la Reserva posee colonias de quetzales significativas numéricamente en Mesoamérica. En referencia a la avifauna se encuentra presente una de las águilas más grandes del mundo, el águila Harpyja; así mismo hay una población definida de guacamayas escarlata. También están los consumidores más poderosos en la cadena alimenticia; el puma y el jaguar, el herbívoro más grande de Mesoamérica tapir o danto. La entomofauna está igualmente inexplorada. Se calcula a groso modo la existencia de entre 100 mil a 200 mil especies de insectos.
FAUNA
BOSAWAS posee una rica taxa de animales invertebrados y vertebrados. Con respecto a la avifauna, posee significativas colonias de quetzales y de guacamayas escarlatas, también es espacio de vida de una de las águilas mas grandes del mundo:
El águila arpía (Harpía harpyja). En su selva están presentes el puma (felis concolor) y el jaguar (Felis onca) considerados los consumidores más poderosos de la cadena alimenticia, y cuya presa predilecta es el tapir o danto (Tapirus bairdii), el herbívoro más grande de Mesoamérica.
Aunque la entomofauna de BOSAWAS está prácticamente inexplorada, se calcula que, a grosso modo, existen entre 100,000 a 200,000 especies.
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